La hueste conquistadora de Don Pedro de Orsúa y Don Ortún Velasco tomó el territorio, apuntó los pueblos de indios y fundó la ciudad de Pamplona de Indias en 1549. Con este evento desaparece como unidad militar para convertirse en el «Cabildo, Justicia y Regimiento» de la ciudad fundada, operando como las «Justicias del Rey» en esa nueva jurisdicción.
En los primeros años las minas pulsaron el poblamiento y la consolidación de la ciudad, pero de inmediato la economía y empresa agroganadera configuró el comercio, los mercados, el trabajo indígena y esclavo como las profesiones y oficios de los libres. El Cabildo debió reglamentar y tasar todas las actividades productivas, precios, pesas y medidas; además de resolver los conflictos y pautar la civilidad de todas las castas y estamentos sociales.
La Iglesia católica, tanto el clero diocesano (beneficiado del templo y curato mayor de la ciudad, vicario y presbíteros seglares), como el clero regular (religiosos de los conventos) aplicados a la doctrina de naturales, fueron determinantes en el moldeado y configuración de la sociedad colonial pamplonesa, de la cual hizo parte el Valle de Cúcuta.
El Valle de Cúcuta fue muy importante para la construcción hispánica de todo el territorio nororiental del Nuevo Reino de Granada, pues dinamizó las comunicaciones y el comercio entre la ciudad de Pamplona y las ciudades extremas como la Villa de San Cristóbal, Mérida, La Grita y la misma ciudad de Maracaibo.