El proyecto del Padre Las Casas hizo instaurar la «República de los Indios» con las Leyes Nuevas de 1542, donde cada pueblo de indios fue poblado a la usanza hispánica, con traza de calles y plaza, en cuyo marco se erigía la Capilla y la casa del cura, así como la casa de gobierno y la cárcel, pues debían vivir en «pulicía».
Desde la Capilla Doctrinera se consolidó y proyectó la vida política de los pueblos de indios, fortalecidos como comunidad con las cofradías indianas de advocación mariana, al tiempo que de algún modo resistieron al avasallador paso de terratenientes blancos, criollos y mestizos, como al asedio del campesinado no indígena que poco a poco se fue insertando entre ellos.
En su resguardo o tierras de comunidad los indígenas tuvieron no solo su fuente de subsistencia, sino su respaldo financiero y político, en tanto controlaban tierras para arrendar y con ello pagar sus tributos, como para producir excedentes y acumular algunos pesos que solían prestar a interés a los hacendados y empresarios agrícolas, hecho que los fortaleció política y socialmente.
Pero el pueblo y la misma Capilla doctrinera fueron fuente o escenario para el vertiginoso mestizaje que ahogó las comunidades indígenas puras. A mediados del siglo XVIII ya algunos pueblos de indios eran solo de nombre y valor jurídico, pues sus gentes eran más mestizos y de otros colores que propiamente indios; tal como lo expresara más tarde el Fiscal Francisco Antonio Moreno y Escandón en 1778, eran «pueblos con sustento de parroquia»; indicando que los pueblos de indios en realidad estaban integrados por un campesinado no indígena y debían ser demolidos como tales para ser convertios en parroquias diocesanas.